La dimensione della ghiaia è a tuo pure piacere estetico per esperienza personale posso dirti che più è fine, più è facile piantare le piante! Che poi comunque, considerando che si parla di una vasca per tartarughe penso andrai di piante belle resistenti (Anubias, Microsorium, Ceratophyllium, etc.), resistenti almeno in teoria visto che le Trachemys son carri armati :D , quindi un unico tipo di fondo andrebbe più che bene! Anche perché penso che pur avendo due fondi diversi le tartarughe dopo un po' lo mischierebbero!
Mi raccomando solo, non fare un livello di sabbia finissima troppo alto (3 cm vanno bene, con la ghiaia sotto pure meglio da questo punto di vista) perché potrebbero crearsi zone anaerobiche pericolose!